DNA-sekvensering skal gi raske svar på miljøstatus

I prosjektet AQUAeD samarbeider STIM med Aqua Kompetanse, Akvaplan-niva, Havforskningsinstituttet og NMBU. Målet er en ny og bedre metode for overvåking av miljøeffekter på havbunnen.

- Vi tror dagens metodikk kan forbedres til å gi et mer nøyaktig og komplett bilde av miljøstatusen, og ikke minst at denne prosessen kan gjennomføres både raskere og billigere enn i dag, sier Morten Stokkan som er marinbiolog og taksonom i STIM.

Sentralt i arbeidet er bruk av ny DNA-teknologi for å innhente informasjon om bakterier på havbunnen. I dag bygger disse miljøanalysene overveiende på artsbestemmelse av større organismer som finnes i bunnprøver tatt ut med grabb (taksonomi). Dette er en manuell og tidkrevende prosess hvor resultatene gjerne foreligger først flere måneder etter prøvetaking. Det er også kun et fåtall personer i Norge som har den nødvendige kompetansen til å gjøre denne jobben.

Til sammenligning kan miljøindekser basert på DNA-sekvensering av mikroorganismer utarbeides i løpet av noen få dager og til en brøkdel av prisen.

- På grunn av både prisen og tidsbruken vil denne typen analyser kunne gjøres langt oftere enn dagens miljøundersøkelser. Det vil være en stor fordel for oppdretterne, som da vil ha mulighet til å både oppdage negativ påvirkning og sette inn tiltak tidligere, sier Stokkan.

DNA-analyse av bakterieforekomster kan gi mye informasjon om tilstanden på havbunnen. Er det eksempelvis mye svovel i sedimentet, da vil man også finne svovelnedbrytende bakterier der. En stor del av prosjektet dreier seg derfor om å bygge opp en database som linker de ulike bakteriene til prosesser som foregår i bunnmassene.

Miljøsekvensering som metode vil foregå parallelt med dagens metode for miljøundersøkelse i flere år, før det vil bli aktuelt å fullt ut erstatte dagens metodikk.

- Målet er en ny norsk standard, men det er en stor jobb som skal gjøres. Nå er vi i en fase med databearbeiding av første runde med innsamlede prøver fra hele norskekysten. Vi tester også metoder for prøvebearbeiding og ser for oss å på sikt kunne flytte mye av arbeidet som i dag foregår i laboratorier, ut i felt, sier Stokkan.

STIM jobber med implementering av DNA-teknologi på flere områder enn analyse av bunnprøver.

- I STIM har vi god kompetanse på dagens metodikk, men det er ingen tvil om at DNA-teknologi vil bli stadig viktigere i denne typen arbeid. Derfor har vi stort fokus på dette i utviklingen av miljøtjenestene våre, sier Stokkan.

AQUAeD-prosjektet er finansiert av Norges Forskningsråd og skal etter planen avsluttes i 2025.