Forskere har utviklet verktøy for torskeoppdrett
Forskere har utviklet et verktøy som gjør det mulig å løfte torskeavl fra familieseleksjon til individuell seleksjon – og med det oppnå bedre genetisk framgang, melder Nofima.
− Vi har nå skreddersydd et genomisk verktøy til torsk, det vil si at vi kan avle på enkeltindividers gode egenskaper. Verktøyet er tilgjengelig for alle og er bra timing nå som torskeoppdrett igjen er på vei opp, fordi det kan bidra til mer effektiv matproduksjon fra havet, sier forsker Anne Kettunen i en pressemelding.
Seniorforsker Luqman Aslam i Nofima er spesialist på å utvikle slike verktøy, og har gjort det sammen med Kettunen.
Fra familieavl til individavl
Selv om søsken har det til felles at de arver halvparten av genene fra mor og halvparten fra far, er søsken seg imellom ofte svært forskjellig. Bare se på folk rundt deg. Disse forskjellene er utgangspunktet for det nye verktøyet «SNP-panel» (SNP uttales snip, og står for «single nucleotide polymorphism»).
− Dette er trolig det første SNP-panelet som passer både til forskning og kommersiell bruk i avlsprogram på torsk, sier Aslam.
Nofimas torskeavlsprogram bruker i dag familieseleksjon basert på relasjoner, det vil si at de avler på søsken til torsk som har blitt testet for utvalgte egenskaper, og bestått. Men søsken kan være veldig forskjellige, selv om de i snitt har 50 prosent av genvariantene til felles. En torsk kan ha betydelig mer eller mindre enn 50 prosent til felles med sine søsken, akkurat som oss.
Med utviklingen av såkalte genomiske verktøy i torskeavl, kan avlsprogram nå ta hensyn til at søsken arver ulike genvarianter fra sine foreldre. På samme måte som man i kriminalsaker sammenligner DNA prøver fra spor og mistenkte, kan vi sammenligne torsk og beregne hvor beslektet de er. Da kan vi velge søsken med nærest slektskap til de torskene som gjorde det best i testen, til å være foreldre. Da beveger avlsprogrammet seg fra familieavl til individavl, også for de egenskaper som ikke kan måles på selve avlskandidaten. Denne type seleksjon kalles på fagspråket genomisk seleksjon.
Det gir høyere nøyaktighet og høyere seleksjonsintensitet. Vi får økt genetisk framgang. Slike verktøy finnes for avl på husdyr, laks og havabbor, og verktøyet Aslam og Kettunen har utviklet, kan få stor betydning for effektiv torskeavl.
Slik utviklet de verktøyet
Aslam og Kettunen har brukt den norske populasjonen av oppdrettstorsk og villtorsk til å lage dette SNP-panelet. Jobben har bestått i å finne variasjon i genomet i norsk torskepopulasjon. Denne informasjonen ligger inne i SNP-panelet, med til sammen 21 000 markører.
Forskerne kan nå bruke SNP-panelet til å finne såkalte QTLer (Quantitative Trait Loci»). Dette er områder i genomet som sterkt påvirker de egenskaper man er interessert i å forbedre i torskeavl.
− Vi har funnet QTL på tilvekst. Vi kan også bruke SNP-panelet til å finne QTLer for ulike helseegenskaper og kjønnsmodning, forteller Kettunen.
Et eksempel på en kjent QTL som har hatt stor betydning, er for laksesykdommen IPN. Man kunne bruke QTL-en til å luke ut laks som var disponert for IPN, og siden den kom, har IPN gått ned drastisk i lakseoppdrett.
Nyttig for torskeoppdrettere og avlsselskap
Næringsnytten i SNP-panelet ligger i at det gir mer nøyaktig seleksjon, man kan finne QTLer hos torsk og den kan redusere bruk av forsøksfisk.
Forskerne har altså utviklet et verktøy alle står fritt til å ta i bruk. Man kan genotype egen torsk for å beregne slektskap mellom fisk eller lete etter genvarianter man vet er gunstige.− Man blir ikke en god tømrer av å kjøpe en god hammer. For å ha nytte av verktøyet må man ha kompetanse og et godt materiale i populasjonen man vil avle på, sier Kettunen.
Kettunen og Aslam vil selv bruke verktøyet i forskningsprosjekter. De vil for eksempel undersøke resistens mot bakteriesykdommen francisellosis i det nye prosjektet «Frantic», og bruke verktøyet i rutinemessig seleksjon i torskeavlsprogrammet.
