Fant genetiske markører for hjertelidelse ved hjelp av utbrudd i felt
Naturlige utbrudd av laksesykdommen hjertesprekk, eller CMS, har bidratt til at forskere har funnet genetiske markører for sykdommen.
Denne artikkelen er tre år eller eldre.
Registreringer av dødelighet fra CMS feltutbrudd hos Marine Harvest, indikerer at seleksjon ved hjelp av genetiske markører på to områder på laksens kromosom, kan føre til at flere laks blir mer robuste og overlever CMS-infeksjon, skriver Nofima i en pressemelding.
Det at sykdommen først inntrer og ofte medfører høy dødelighet når laksen har blitt så stor som 3 til 5 kilo, fører til store økonomiske tap for lakseindustrien. CMS ble også ansett av fiskehelsepersonell å være den mest alvorlige sykdommen i fiskeoppdrett, ifølge Fiskehelserapporten 2017.
QTL for CMS
Analyser utført av Nofima og en av næringspartnerne (Marine Harvest) viste at det er genetisk variasjon mellom laksefamilier når det gjelder hvor motstandsdyktige de er mot CMS. Det betyr at noen familier klarer seg bedre ved CMS-utbrudd enn andre. Ved å velge ut sterkere og mer motstandsdyktige individer eller familier ved hjelp av QTL-markører, kan dødelighet forårsaket av CMS i lakseoppdrett reduseres.
Resultatene fra denne studien er en del av prosjektet “SalmoResist” som er finansiert av Forskningsrådet og ledet av Nofima. Prosjektet har to samarbeidspartnere fra laksenæringa, Marine Harvest og SalmoBreed. Ett av målene i prosjektet er å utnytte naturlig sykdomsutbrudd i felt for å finne QTLer, og å bruke denne informasjonen for å velge ut stamfisk.
Slik ble data fra felt utnyttet
Forskere fra Nofima og Marine Harvest samlet inn prøver av fisk fra lokaliteter hvor det hadde vært utbrudd av virussykdom i 2016-17. Når det ble meldt fra om utbrudd i felt, bekreftet eller avkreftet veterinærer sykdom gjennom klinisk bedømming av symptomer, samt qPCR analyse. Når fisken i merden var slakteklar, ble det tatt ut prøver av fisk som overlevde utbruddet, på slaktelinja. Noen av disse ble også undersøkt av veterinærer for å bekrefte at de var potensielt friske. All fisk ble genotypet og det ble gjennomført QTL-analyse, og det førte til slutt til påvisningen av to QTL-regioner for CMS.
QTL-analysen ble gjort av Solomon Boison som da var i Nofima, og nå er ansatt i Marine Harvest:
‒ De to QTL-områdene forklarer omtrent 50 prosent av den genetiske variasjonen i motstandsevnen mot CMS. Disse QTLene vil derfor langt på vei hjelpe industrien til å velge ut fisk som blir mer resistent mot viruset som forårsaker CMS.
Luqman Aslam, forsker i Nofima, er veldig glad for at næringspartnerne i prosjektet kunne bekrefte resultatene forskerne hadde funnet etter feltutbrudd, med smittetest i slutten av 2017. Han mener at QTL-funnet, som forklarer en stor andel av den genetiske variasjonen, kan gjøre avlsselskapene i stand til å bruke marker assisted selection (MAS) når de velger avlskandidater for neste generasjon.
‒ Det vil i så fall bli en «game changer» i kampen mot CMS, sier han.
Videre validering av QTLene av industrien
Både Marine Harvest og SalmoBreed har validert QTLen som ble identifisert i SalmoResist prosjektet ved å gjennomføre smittetester utviklet av Veso Vikan i Namsos. Resultatene fra de to avlsselskapene peker på den samme regionen på kromosomet.
Matthew Baranski fra Marine Harvest synes tilnærmingen i prosjektet er spennende, fordi man kommer raskere i gang:
‒ I stedet for å vente på at det skal utvikles smittemodeller i laboratoriet, kan data fra utbrudd i felt være utgangspunkt for forskningen innen laboratoriemodell er fullt utviklet og godkjent.
Borghild Hillestad fra SalmoBreed sier:
‒ Dette funnet er veldig viktig, spesielt siden de gjør at avlsselskapene kan utnytte genmarkørene for å få mye sikrere seleksjon for resistens mot CMS.
Hennes kollega Hooman Moghadam legger til:
‒ Men vi trenger å forbedre strategiene for å få utnyttet feltutbrudd best mulig i framtida. Da kan vi være bedre i stand til å ta høyde for kilder til usikkerhet, som må forventes for denne type data.
Nofima vil forsøke å bruke den samme tilnærmingen som i dette studiet for å finne QTLer for andre egenskaper, i stedet for å gå gjennom smittetestmodell, spesielt for sykdommer som ikke har smittetest I det hele tatt. Men, det er viktig at veterinærer bekrefter utbrudd før det tas prøver ved feltutbrudd.
