Laksegenom - salmon gen

Analyserer 900 000 genmarkører fra laks samtidig

Aqua Gen har i samarbeid med Cigene og Affimetrix utviklet og tatt i bruk et nytt verktøy som analyserer mer enn 900 000 genmarkører per prøve fra atlantisk laks. Dette er verdens største genmarkørsett for fisk og er et stort sprang fra det tidligere brukte settet på 6000 genmarkører.

Det nye settet vil i første omgang benyttes til å lete etter nye gen eller genmarkører som er assosiert med viktige egenskaper hos laks.

– Økt motstand mot sykdommer og parasitter er sentralt; CMS, lakselus og Amoebic Gill Disease (AGD) har høyeste prioritet fremover. Det nye genmarkørsettet muliggjør også såkalt genomisk seleksjon som er en videreutvikling og optimalisering av markør-assisterte seleksjon som i dag benyttes for PD og IPN, skriver Aqua Gen i en pressemelding.

– Vi er glade for å ha fått utviklet dette banebrytende genmarkørsettet for laks på så kort tid, sier Nina Santi, forsknings- og utviklingssjef i Aqua Gen i pressemeldingen.

– Dette høyoppløselige genmarkørsettet gir oss helt nye muligheter for å forbedre sykdomsresistens og kvalitet hos oppdrettslaksen. Spesielt er vi begeistret for utsiktene til å gjennomføre såkalt genomisk seleksjon i avlsprogramet. Markørsettet vil også gjøre det lettere å identifisere genetiske varianter som ligger til grunn for komplekse egenskaper, som for eksempel vekst og fôrutnyttelse og samtidig bidra sterkt til økt forståelsen av laksens biologi, sier hun videre.

Økt presisjon og hastighet ved genotyping

– Utvikling av genmarkørsett og automatisert genotyping i Atlantisk laks kompliseres av at laksens genom delvis består av fire kromosomsett i stedet for to som vi finner hos menneske, sier Sigbjørn Lien, professor ved Universitetet for miljø og biovitenskap (UMB) og Centre for Integrative Genetics (Cigene). Han trekker også frem hjelpen de har fått fra det amerikanske teknologiselskapet Affymetrix i denne prosessen.

Om Cigene Senter for integrert genetikk (Cigene) ble etablert i 2003 ved Universitetet for Miljø og Biovitenskap på Ås. I løpet av det siste tiåret har Cigene fått omfattende erfaring i å analysere data og utvikle ressurser for SNP-genotyping i et bredt spekter av arter. Cigene har vært involvert i store sekvenseringsprosjekter siden 2007, (for eksempel prosjektet som sekvenserer den Atlantiske laksens genom). Forskningen som bedrives i Cigene er knyttet opp mot den genetiske kontrollen av komplekse egenskaper, med særlig fokus på produksjonsarter innen akvakultur og landbruk.

Om Affymetrix Affymetrix’ teknologi brukes av verdens fremste farmasøytiske, diagnostiske og bioteknologiske selskaper, samt ledende akademiske, offentlige og ikke-kommersielle forskningsinstitutter. Mer enn 2300 genotypingssystemer er blitt produsert for forskningssentre rundt omkring i verden, og mer enn 48 000 vitenskapelige artikler som siterer Affymetrix’ teknologi er blitt publisert. Affymetrix har hovedkontor i Santa Clara, California, og har produksjonsanlegg i Cleveland, Ohio og Singapore. eBioscience har hovedkontor i San Diego, California og har produksjonsanlegg i San Diego og Wien. Medregnet eBioscience har selskapet ca 1100 ansatte på verdensbasis og driver salg og distribusjon i Europa, Asia og Latin-Amerika.

 

Publisert: 17.04.2013 , 07.00


Siste saker

X